O Departamento de Gestão de Projectos (DGP) iniciou a sua actividade em Abril de 2007, apresentando-se como uma área transversal aos restantes domínios de actuação da Fundação Museu Nacional Ferroviário. Este Departamento tem por principal Objectivo a elaboração, gestão, acompanhamento, controlo e monitorização de todas as fases de execução dos diferentes projectos comuns à Fundação, desde a sua concepção até ao momento de encerramento.
Por intermédio do Departamento de Gestão de Projectos, a FMNF tem estado envolvida em diversas iniciativas, no âmbito das quais têm vindo a ser elaboradas várias candidaturas a projectos e programas estruturais de financiamento nacional e comunitário.